История высшего учебного заведения начинается с 1931 года, когда в г. Алма-Ате был открыт филиал Среднеазиатского института инженеров железнодорожного транспорта. Подготовка специалистов велась по путейской, механической и эксплуатационной специальностям для нужд Туркестано-Сибирской железной дороги.

В 1957 году филиал был преобразован в учебно-консультационный пункт (УКП), а с 1 октября 1967 года реорганизован в Алма – Атинский филиал ТашИИТа.

20 мая 1976 года на базе филиала был образован Алма-Атинский институт инженеров железнодорожного транспорта (АлИИТ).

1 января 1991 года на базе Алма – Атинского филиала Усть-Каменогорского строительно-дорожного института был создан Алма-Атинский автомобильно-дорожный институт (ААДИ).

7 мая 1996 года два транспортных вуза – АлИИТ и ААДИ были обединены в укрупненное высшее учебное заведение по  подготовке специалистов для транспортной отрасли Республики  Казахстан – Казахскую академию транспорта и коммуникаций (КазАТК).

23 мая 2000 года Казахской академии транспорта и коммуникаций было присвоено имя первого казахского инженера путей сообщения, видного общественного и политического деятеля, одного из разработчиков проекта и строителей Туркестано-Сибирской магистрали Мухамеджана Тынышпаева.

27 января 2021 года состоялась государственная перерегистрация юридического лица с АО «Казахская академия транспорта и коммуникаций имени М. Тынышпаева» на АО «Академия логистики и транспорта».

22 апреля 2024 года Академия получила статус – АО «ALT Университет имени Мухамеджана Тынышпаева».

Сегодня АО «АLT Университет им. Мухамеджана Тынышпаева» – ведущее высшее техническое учебное заведение Казахстана, готовящее специалистов для транспортно-логистической отрасли страны.

Учебно-научный процесс обеспечивается высококвалифицированным профессорско-преподавательским составом, 60% которого составляют доктора и кандидаты наук, профессора и доценты.

При Университете действуют колледжи в городах Астана, Алматы, Актау, Актобе и Шымкент.