Жоғары оқу орнының тарихы 1931 жылдан, Ташкент қаласында орналасқан Орта Азия темір жол көлігі инженерлері институтының механикалық, пайдаланушы және жолшы мамандықтары филиалы ретінде Алматыда ашылған оқу орнынан бастау алады.

1957 жылы жоғарыда аталған филиал – Оқу – консультациялық пункт болып өзгертілді. Жоғарыда көрсетілген оқу – консультациялық пункт 1967 жылдың 1 қазанынан бастап ТашИИТ-тің Алматы филиалы болып қайта құрылды.

1976 жылдың 20 мамырында аталмыш филиал – Алматы Темір жол көлігі инженерлер институты болып құрылады (АлТЖИИ).

1991 жылы 1 қаңтарда Өскемен құрылыс жол институтының Алматы филиалының базасында – Алматы автокөлік-жол институты құрылды (ААЖИ).

1996 жылы 7 мамырда, Алматы Темір жол көлігі инженерлері институты мен Алматы автокөлік-жол институты оқу орындарының базасында – көлік саласының мамандарын дайындайтын ірілендірілген жоғары оқу орны – Көлік және коммуникациялар академиясы құрылды (ҚазККА).

2000 жылы 23 мамырда Қазақ көлік және коммуникация академиясына, ірі қоғам және саяси қайраткер, Түркістан-Сібір магистралі жобасын жасаушы және құрушы, қазақтан шыққан алғашқы қатынас жолдары инженері – Мұхаметжан Тынышбаев есімі берілді.

2021 жылы 27 қаңтарда заңды тұлғаны мемлекеттік қайта тіркеу бойынша «М.Тынышбаев атындағы Қазақ көлік және коммуникациялар академиясы» АҚ-нан «Логистика және көлік академиясы» АҚ-на өтті.

2024 жылы 22 сәуірде Академия «Мұхаметжан Тынышбаев атындағы ALT Университеті» АҚ жаңа атауға ие болды.

Бүгінде «Мұхаметжан Тынышбаев атындағы ALT Университеті» АҚ – Қазақстанның көлік-логистика саласы үшін мамандар даярлайтын жетекші жоғары техникалық оқу орны.

Оқу-ғылыми үдеріс жоғары білікті профессорлық-оқытушылық құраммен қамтамасыз етіледі, оның 60% ғылым докторлары мен кандидаттары, профессорлар мен доценттер құрайды.

Университет аясында Астана, Алматы, Ақтау, Ақтөбе және Шымкент қалаларында колледждер жұмыс істейді.